Met inbegrip van leerjaar 1 telt de VWO-afdeling zes leerjaren. Aan het einde van leerjaar 3 kiest iedere leerling een profiel uit de Tweede Fase. De VWO-afdeling kent een eigen profiel. De leerlingen moeten voorbereid worden op een wetenschappelijke studie. De daarvoor benodigde competenties staan centraal in de wijze waarop het vwo-onderwijs is ingericht. Het kennisniveau is daarbij een wezenlijk onderdeel. Het behalen van een goed kennisniveau is een taak van vakkundige docenten.
Om een goed basisniveau te garanderen, zijn de vakken Nederlands, Engels en wiskunde in de klassen 2-3 determinerend. Daarnaast wordt het accent gelegd op specifieke vaardigheden als zelfstandig werken, leren en ontdekken, plannen, onderzoeken en presenteren. Behalve in de instructielessen geschiedt dat eveneens in vakoverstijgende projecten. Op deze wijze tracht de vwo-afdeling iedere leerling op maat te bedienen. Met ingang van het schooljaar 2007-2008 is de Herziene Tweede Fase ingevoerd. Grote wijzigingen zijn: geen deelvakken, nieuwe vakken (BSM, Informatica), nieuwe overgangsregeling en nieuwe herkansingsregels. In het officiële examenreglement is dit uitgewerkt. De leerlingen ontvangen elk jaar voor 1 oktober van het nieuwe schooljaar dit reglement. Ook voor de herziene Tweede Fase geldt dat er vier profielen zijn: Cultuur en Maatschappij, Economie en Maatschappij, Natuur en Gezondheid, Natuur en Techniek. Elk profiel kent een verplicht gemeenschappelijk deel, een gekozen profieldeel met verplichte vakken, een keuzeprofielvak en een vrij deel. In het vrije deel kiezen de leerlingen van atheneum 4 minimaal één vak. Meerdere vakken kan ook, maar alleen in overleg met de schoolleiding en met positieve advisering van de vakdocenten. Door gebruik te maken van de zogenaamde ‘geleide’ keuze, kunnen leerlingen aan het einde van leerjaar 4 de overstap maken naar een ander profiel of examen doen in twee profielen. Daarnaast bestaat nog een geheel vrij deel, waarin naast loopbaanoriëntatie, beroepenstage en internationalisering, aandacht is voor specifieke vakoverstijgende modules vanuit de Maatschappijrichting en de Natuurrichting. De schoolleiding en de decaan van de afdeling zijn hiervoor verantwoordelijk. Het onderwijs is meer dan voorheen gericht op kennis en vaardigheden. De leerlingen krijgen een actievere rol in het leerproces. De docent wordt meer begeleider. Er wordt een groter beroep gedaan op de zelfstandigheid en zelfwerkzaamheid van de leerling. De leerling wordt zo beter voorbereid op het universitair onderwijs en hoger beroepsonderwijs (hbo). Leerlingen werken daartoe onder meer met behulp van moderne technologische hulpmiddelen, zoals de computer, voor een deel op zelfstandige wijze aan hun leerstof. In de bovenbouw heeft de leerling naast een vast aantal instructie-uren, de mogelijkheid om te kiezen in de zogenaamde Keuzewerktijden (KWT).
Opbouw van het onderwijsIn leerjaar 2 is de lessentabel zo aangepast dat de leerlingen in dat leerjaar alle vakken krijgen voor minimaal twee periodes Op deze manier maken de leerlingen kennis met vakken die van belang zijn bij de profielkeuze in vwo 3. In leerjaar 3 krijgen de leerlingen te maken met hun profielkeuze. Na een voorlopige keuze kunnen leerlingen in de tweede helft van het schooljaar profielspecifieke vakken kiezen. In de bovenbouw wordt gewerkt met een geperiodiseerd halfjaarrooster. Dat betekent dat niet in elke periode alle vakken worden gegeven. Deze beperking van vakken, moet leiden tot een efficiëntere aanpak, waardoor de leerlingen zich op minder vakken kunnen concentreren. Verder wordt in zogenaamde keuzewerktijden (KWT) aan de leerlingen de mogelijkheid geboden om zelfstandig te kiezen voor de vakken die meer aandacht nodig hebben. Dat is voor elke leerling een individuele keuze. De mentor en vakdocent zullen daarbij een begeleidende rol spelen.
Afdelingsleiding
De afdeling vwo wordt geleid door adjunct-directeur dhr. Rob van der Vorst. Hij wordt daarbij terzijde gestaan door de afdelingsleider dhr. Perry D’Elfant. Hij is belast met de dagelijkse gang, zoals zaken die te maken hebben met lesroosters, cijfergeving en rapportage, aan- en afwezigheid, verlofaanvragen, leerlingengedrag. Daarnaast is hij belast met de algemene leerlingenbegeleiding en coördineert het tutorsysteem. Voor specifieke leerlingenproblematiek wordt de leerlingenbegeleider havo/vwo, dhr. Pascal Muller, ingeschakeld. Tot de specifieke leerlingenproblematiek worden zowel problemen op sociaal-emotioneel gebied als leerproblemen gerekend. De decaan , dhr. Jos van de Wijdeven, is de eerst verantwoordelijke voor het keuzeproces van de leerlingen in A3 en A4, 5 en 6. In nauwe samenwerking met de mentoren en vakdocenten begeleidt hij de leerlingen bij de keuze van het juiste profiel. In de eindexamenjaren verzorgt hij de loopbaanoriëntatie, die moet leiden tot de juiste vervolgstudie op universiteit of hbo. Tenslotte fungeert de mentor van de afzonderlijke klassen als spil. Bij hem/haar komt alle informatie bijeen die van belang is voor een adequate begeleiding van de afzonderlijke leerling. Via hem/haar kunnen zaken terecht komen bij de afdelingsleiding, de leerlingbegeleider, de decaan en de vakdocenten.
Toelating tot het vijfde leerjaar vwoLeerlingen die in het bezit zijn van een havo-diploma, zijn toelaatbaar tot de vijfde klas vwo, indien zij aan de eisen van profielen en vakken kunnen voldoen. Ook voor deze doorstroming geldt dat elk verzoek tot toelating door een toelatingscommissie wordt beoordeeld. Het advies van de commissie zal afhangen van het gekozen profiel en vakken in verband met de inpassing van het examendossier. Daarnaast zal in haar besluit de motivatie van de leerling en het advies van de afleverende school of afdeling zwaar wegen.